《福建农林大学学报(自然科学版)》（双月刊）创刊于1953年，是综合性的农业学术期刊，立足本校，面向社会，主要刊载作物科学、植物保护、园艺科学、林业科学、生命科学、动物科学、蜂学、资源与环境学、食品科学、材料工程、计算机与信息科学、机电工程、交通等及相关学科的基础研究、应用研究和开发研究等方面的学术论文。读者对象为国内外有关专业的科技工作者、高等院校教师和研究生等。

《福建农林大学学报(自然科学版)》获中国自然科学核心期刊；第二届全国优秀科技期刊；全国高校优秀自然科学学报；华东地区优秀期刊。